بررسی آلل های S در گونه های وحشی
بررسی آلل های S در گونه های وحشی
Martinez Gomez et al. (2003c) ژنوتیپ های S مربوط به 18 رقم بادام و 12 گونه وحشی وابسته به ان را با کاربرد آغازگرهای AS1II و AmyC5R بررسی کردند. آنها 8 آلل را در بادام و 6 آلل جدید را در گونه های وحشی (P. webbii , P. kuramica, P. kuramika, P. pentunikowii,P. tangutica , P. bucharica , P. argentea) شناسایی کردند. توالی نوکلیوتیدهای این آغازگرها در بادام و گونه های وحشی حفاظت بالایی را نشان دادند. در برخی از گونه ها (P.glandulosa , P.renella , P.kasuensis , P.mira , P.scoparia , P.pedunculata) هیچ آلل S مشاهده نشد. نتایج یک فاصله ژنتیکی نزدیک بین بادام و گونه های وحشی را نشان داد که قبلا نیز توسط (1991) Kester et al گزارش شده بود. همچنین امکان پذیری انتقال آلل های S از گونه های وحشی به بادام را که توسط Gradziel et al . (2001b) ارائه گردیده بود را تایید کرد.
در بررسی آلل های S در چهار گونه وحشی شامل p.scoparia , P. lycioides , P . elaegnifolia , P. hauskunechtii تنوع بالایی از لوکس S مشاهده گردید، تعداد 14 آلل از رنج 472 تا 1200 جفت باز گزارش گردید. این الل ها در گونه های مذکور متفاوت بودند ولی یک آلل مشابه در 2 گونه , P . elaegnifolia P. hauskunechtii مشاهده شد. گونه های بررسی شده غالبا دارای خودناسازگاری بودند و عمدتا 2 باند در ژل آگارز نشان می دادند. دو آلل مختلف از تکثیر پرایمرهای خود ناسازگاری AS1II و AmyA5R حاصل گردید ولی P. elaegnifolia دارای یک آلل خودسازگاری Self fertile(Sf) بود و تنها یک باند از پرایمر اختصاصی خودسازگاری CEBASF بدست آمد (zeinaladedidi et al. 2007 b ) .
الهی و همکاران (Elahi et al. 2008 ) گزارش کردند که در نمونه های مورد بررسی از گونه های P. communis , P. elaegnifolia , P. hauskunechtii , P. scoparia , P. lycioides , P. orientalis بومی ایران ، پس از کاربرد آغازگر های اختصاصی خودسازگاری (Channuntapipat 2001 , Ma and Oliviera , et al . 2003 ) هیچ گونه آلل سازگاری مشاهده نشد.
راحمی (1389) برای بررسی تنوع خود ناسازگاری در بادام های وحشی و یافتن آلل های احتمالی خود سازگار از روش تکثیر زنجیره پلی مراز با استفاده از 5 جفت آغازگر عمومی و اختصاصی و یک سری اغازگر چندگانه در 96 نمونه بادام و گونه های خویشاوند آن استفاده نمود. تعداد 155 آلل خودناسازگاری تکثیر شد و فراوانی آلل های S محاسبه گردید. کاربرد آغازگرهای مذکور به ویژه آغازگر اختصاصی هیچ آلل سازگاری (Sf) را بین نمونه ها تشخیص نداد. آنالیز اندازه باند های خوانده شده نشان داد که گروه های تاکسونومیک مختلف که این گونه ها به انها تعلق دارد را می توان به وسیله آلل های S از هم تفکیک کرد.
راحمی (1389) به منظور بررسی و شناسایی آلل های جدید، DNA مربوط به 28 آلل ( 17 نمونه از 15 نمونه ) با استفاده از 2 جفت آغازگر دژنره کانسنسوس اینترون اول ودوم تکثیر نمود. DNA تکثیر شده از روی ژل استخراج و توالی DNA های مذکور بوسیله دستگاه توالی یاب تعیین گردید. این توالی با داده های موجود ژن (NCBI) بلاست گردید و حداکثر تشابه توالی های مذکور با داده های موجود تعیین گردید. این توالی ها در پایگاه اطلاعاتی بانک ژن ثبت گردیدند. آنالیز روابط فیلوژنتیک بین آلل های S ترسیم گردید.
راحمی (1389) با کاربرد روش تکثیر چند شکلی های حاصل از برش CAPs به شناسایی آلل های S بادام پرداخت. او از یک جفت آغازگر اینترون دوم برای تکثیر زنجیره پلیمراز در 6 نمونه بادام و گونه های وابسته به جنس Prunus مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. نتایج نشان داد که انزیم های محدودگر مورد استفاده در الگوهای برشی متفاوتی ایجاد کردند، بطوریکه Apol بهترین تاثیر را در برش کلیه باند های مورد بررسی نشان داد.
وضعیت آلل های S در گونه های مختلف Prunus
|
گونه |
تعداد آلل S گزارش شده |
منبع |
آغازگر استفاده شده |
|
P. dulcis |
45 ( S1-44,Sf) |
Ortega at al., 2005 |
Paconsi-F+EMPC5-consR |
|
|
|
Ortega at al., 2006 |
Paconsi-F+EMPC3-consR |
|
|
|
Ortega at al., 2009 |
Paconsi-F+EMPC1-consR |
|
P. webbii |
Sa,b,c,d,e,g,h,n |
Boskovic et al., 2008 |
EMPC2-consF+EMPC3-consR |
|
P. webbii |
6 new alleles |
Boskovic et al., 2009 |
EMPC2-consF+EMPC5-consR |
|
|
|
|
EMPC1-consF+EMPC5-consR |
|
|
|
|
EMPC2-consF+EMPC3-consR |
|
|
|
|
2&8 Ma and Oliviera Parimers |
|
|
|
|
PaconsI-F+EMPCI-consR |
|
|
|
|
PaconsI-F+Pacons5-R |
|
|
|
|
EMPC2-consF+EMPC3-consR |
|
|
|
|
PaconsI-F+EMPC5-consR |
|
|
|
|
EMPC1-consF+EMPC5-consR |
|
|
|
|
SL-T2+SL-C5R |
|
P. webbii |
No amplification |
Channuntapipat et al., 2003 |
SfF+SfR |
|
P. orientalis |
|
|
|
|
P. hauskonetchi |
4 |
Zeinalabedini et al., 2007b |
AS1II+AmyC5R |
|
P. lycioides |
4 |
Martinez-Gomez et al., 2003 |
CEBASf+AmyC5R |
|
p. scoparia |
2 |
|
|
|
P. elaeagnifolia |
4 and Sf |
|
|
|
P. tanguica |
1 |
|
AS1II+AmyC5R |
|
P. bucharica |
1 |
|
|
|
P. argentea |
1 |
|
|
|
P. webbii |
2 |
|
|
|
P. kuramica |
1 |
|
|
|
P. petunikowii |
2 |
|
|
|
P. pedunculata |
No amplification |
|
|
|
P. scoparia |
|
|
|
|
P. mira |
|
|
|
|
p. kansuensis |
|
|
|
|
p. tennella |
|
|
|
|
p. glandulosa |
|
|
|
|
p. salicina |
14(Sa./1,b,c/4.d.e/5,f/6,g-n |
Beppu et al., 2003 |
|
|
|
|
Sapir et al., 2004 |
|
|
P. domesticana |
12 ( S1-12) |
Sutherland et al., 2004 |
|
|
P. armenica |
7 ( S1-6,c) |
Burgos et al., 1998 |
|
|
|
|
Romero et al., 2004 |
|
|
P. mume |
8 ( S1-8,Sf) |
Tao et al., 2002 |
|
|
|
|
Ushijima et al., 2004 |
|
|
P. hauskonetchi |
No amplification |
Elahi et al., 2008 |
2&8 Ma and Oliviera Parimers |
|
P. lycioides |
|
|
SfF+SfR |
|
p. scoparia |
|
|
|
|
P. elaeagnifolia |
|
|
|
|
P. communis |
|
|
|
|
P. orientalis |
|
|
|
|
P. persica |
2 ( S1,2) |
Hegedus et al., 2006 |
EMPC2-consF+EMPC3-consR |
|
P. davidiana |
1 (S1) |
|
PaconsI-F+EMPCI-consR |
|
P. avium |
14 ( S1-14) |
Boskovic and tobutt, 2001 |
|
|
|
|
De Cuyper et al.,2005 |
|
|
P. cerasus |
22 ( S1-22) |
|
|
|
P. argentea |
|
Rahemi, 2010 |
PaConsI-F-FAM+EM |
|
P. brahuica |
|
|
PC1consR |
|
P. carduchorum |
|
|
PaConsI-F-FAM+EM |
|
P. communis |
|
|
PC3consR |
|
P. dulcis |
|
|
EM-PC2consF+EM-PC3consR |
|
P. elaeagnifolia |
|
|
AS1II-F+AmuC5R |
|
P. erioclada |
|
|
CEBASf+AmyC5R |
|
P. fenzliana |
|
|
AS1II-F+CEBASf+AmuC5R |
|
P. geniculata |
|
|
|
|
P. glauca |
|
|
|
|
P. haussknechtii |
|
|
|
|
P. kansuensis |
|
|
|
|
P. keredjensis |
|
|
|
|
P. korshinskyi |
|
|
|
|
P. kotschyi |
|
|
|
|
P. kuramica |
|
|
|
|
P. lycioides |
|
|
|
|
P. nairica |
|
|
|
|
P. orientalis |
|
|
|
|
P. pabotii |
|
|
|
|
P. pedunculata |
|
|
|
|
P. persica |
|
|
|
|
P. petunikowii |
|
|
|
|
P. reticulata |
|
|
|
|
P. salicina |
|
|
|
|
P. scoparia |
|
|
|
|
P. spartioides |
|
|
|
|
P. tangutica |
|
|
|
|
P. tenella |
|
|
|
|
P. trichamygdals |
|
|
|
|
P. triloba |
|
|
|
|
P. webbii |
|
|
|